Реєстрація вхідної, вихідної кореспонденції, а також актів організаційно-розпорядчого характеру ведеться централізовано за допомогою автоматизованої системи електронного документообігу, яка функціонує в Державній фіскальній службі України, або за допомогою інших автоматизованих систем.
Документи у структурних підрозділах Донецької митниці ДФС формуються у справи згідно із затвердженою номенклатурою.
Відповідно до встановленого порядку здійснюється відбір, облік, архівне зберігання та використання документів на усіх видах матеріальних носіїв інформації, що створюються структурними підрозділами митниці, а також передача на державне зберігання документів, віднесених до Національного архівного фонду України, Державного архіву України.